手持ちのATmega328,Atmega168をArduino化するためにはbootloaderの書き込みをしなくてはなりません。
今までヒューズビットを変え対応したbootloaderを書き込んでいましたが、もっと簡単にと思いbuildフォルダーを見ると、xxxx.ino.hexとxxxx.ino.with_bootloader.hexと二つのファイルがあります。
xxxx.ino.with_bootloader.hexのほうを書き込めば、Arduino互換機としてArduino IDEで直接使うことが出来ます。
適当なスケッチの例を使えば、対応bootloaderを選ぶ必要もなく自動的にbootloadeも書き込まれます。