やっと動いたAVRWRTここでやめておけばよかったのですが、
ここまでこぎつけましが、
なぜ？
すべてがうまくいったと思ったのですが、
MProgでVID/PIDを書き換えてりイレースしたりしたのでファームウェアが飛んだのかもしれません。
というのはAVRWRTに添付されているドライバーはFTDIのドライバーをVID：1A48 PID:4101 に書き換えたものです。FTDI のチップであれば VID：0403 PID:6001 のはずなのですが？
AVRWRTのファームウェアは公開されていませんのでお手上げです。